La baie du Mont-Saint-Michel peut être subdivisée en trois secteurs correspondant à trois types d’environnements sédimentaires :

1 - au Nord-Est, de Saint-Jean-le-Thomas au Bec d’Andaine, un littoral sableux soumis aux houles ;
2 - au centre et au Sud-Est, un vaste ensemble estuarien subdivisé d’amont en aval en trois zones :
- les estuaires de la Sée, de la Sélune et du Couesnon,
- la convergence des débouchés estuariens, à sablons et tangues d’où émergent les ilots granitiques du Mont-Saint-Michel et de Tombelaine, bordés d’herbus,
- l’éventail de delta de marée ;
3 - au Sud-Ouest, de Cancale à la Chapelle Saint-Anne, un fond de baie abrité, à faciès vaseux et sables fins, bordé de cordons coquilliers littoraux.